NTFS из-за своей системы безопасности, вернее, из-за необходимости загружать специализированные службы, поддерживающие ее, работает несколько медленнее, чем FAT; кроме этого (и что даже важнее), NTFS занимает больше памяти, поэтому, если оперативной памяти меньше 128 мегабайт, переходить на NTFS не стоит. А вот если оперативки больше, то и впрямь стоит задуматься о преимуществах NTFS...

А теперь - о том, как перейти с FAT на NTFS и при не потерять данные. Во-первых, при установке WIndows XP это можно сделать автоматически - в соответствующий момент ответив утвердительно на соответствующий вопрос. Можно преобразовать FAT16 (или FAT32) в NTFS и позже - воспользовавшись командой CONVERT. Синтаксис этой команды такой:
convert [диск] /fs:ntfs [/v]
где V - параметр, позволяющий не гадать при следующей перезагрузке системы, идет конвертация или нет, а видеть соответствующие сообщения о происходящем процессе на экране.

Кроме встроенных средств Windows XP, для преобразования FAT в NTFS можно воспользоваться замечательной программой Partition Magic, позволяющей к тому же при необходимости выполнить и обратное преобразование - из NTFS в FAT, и тоже без потери данных.