NTFS - это файловая система, которую не понимает Windows 9x. Учитывая, что NT - это сокращение от английского "новая технология", можно предположить, что в NTFS есть много чего хорошего, и это действительно так. Вот лишь краткий перечень преимуществ NTFS:
Возможность работать с большими дисками, причем с действительно большими - теоретически NTFS поддерживает диски размером до 16777216 терабайт ("теоретически" потому, что диски такого огромного размера вряд ли появятся даже в не очень ближайшем будущем)
Надежность. Не вдаваясь в подробности, подчеркну, что NTFS устроена так, что в случае копирования, перемещения или удаления файлов (папок) гарантируется абсолютная сохранность данных. Проще говоря, чтобы не случилось, будь то сбой питания во время выполнения задачи или какая-то другая напасть вроде кривого пальца, нажавшего в самый неподходящий момент кнопку Reset, операционная система после перезагрузки будет работать без ошибок, а, к примеру, перемещенный только наполовину до момента аварии файл останется целым и невредимым. Кроме этого, NTFS имеет не одну, а две копии аналога FAT (MFT - Master File Table), и при повреждении одной копии система при перезагрузке использует другую - целую - копию MFT, одновременно создавая (с учетом повреждений) ее копию.

Короче говоря, надежность и устойчивость - это главные отличительные черты NTFS. А из "мелочей" - зищищенность, включающая в себя возможность определить каждому пользователю его права буквально на каждый файл (открытие, закрытие, чтение, запись), а также допустимость шифрования файлов.